Formation sélective tournée vers la professionnalisation, le magistère n'est pas un diplôme national mais un diplôme d'université (DU). Les DU ne sont pas délivrés au niveau national, mais régionalement. Ils peuvent être de tout niveau (1er, 2e ou 3e cycle).

De la même manière que les IUP, le magistère dure trois ans et recrute à bac + 2 (DEUG, DUT ou prépa), pour trois ans d’études. Une grande partie ont disparu avec la généralisation du LMD.

Ce titre universitaire d'excellence est de moins courant, mais continue d'exister dans le cadre de la réforme LMD. Il conjugue cours théoriques et pratiques avec des stages professionnalisants. Exception : le magistère de gestion, suite logique d’une MSTCF ou d’une MSG, sanctionne un bac + 5.

Il en existe notamment dans les secteurs de la banque-finance, de l'économie, de la gestion, du marketing, des ressources humaines, de la négociation internationale et de la modélisation.